McIntyre được Tổng giám mục Patrick Hayes truyền chức linh mục vào ngày 21 tháng 5 năm 1921.[1] Sau đó, ông làm linh mục phó xứ của Nhà thờ Thánh Gabriel ở Lower East Side cho đến năm 1923, khi ông trở thành phó chưởng ấn cho Tổng giáo phận New York.[2] Ông được thăng chưởng ấn vào năm 1934 và được phong Tuyên úy của Giáo hoàng Piô XI vào ngày 27 tháng 12 cùng năm. Giáo hoàng bổ nhiệm ông làm Giáo sĩ Danh dự ngày 12 tháng 11 năm 1936.

Tiếp nối việc bổ nhiệm Francis Spellman làm Tổng giám mục New York vào năm 1939, McIntyre được bổ nhiệm vào hội đồng tư vấn của tổng giáo phận.[2] Năm 1939, ông thành lập Columbiettes, hội các thành viên phụ nữ của Hiệp sĩ Columbus.